Organisation en isochores au sein des vertébrés

Le séquençage à grande échelle a permis d'accéder aux génomes complets de nombreux organismes. Les modèles de Markov cachés sont une des méthodes probabilistes les plus utilisées pour l'analyse des séquences. Ces travaux ont eu pour objectif de participer à l'analyse de l'organisation et à la compréhension de l'évolution des génomes. Une méthode de prédiction des isochores adaptée au génome humain a été développée. L'originalité de cette approche consiste à identifier des ruptures d'homogénéité des séquences mais surtout leurs causes biologiques, comme l'influence des certaines régions (par exemple UTRs) lors du classement des gènes dans un isochore. Cette méthode a ensuite été appliquée aux génomes de poissons, pour lesquels l'existence d'une structure en mosaïque nouvelle le long de leur génome a été mise en évidence.